L’état écologique des cours d’eau présente un fort enjeu pour la biodiversité et pour l’attractivité de la région. Certaines activités sont en effet très sensibles à la qualité de l’eau (baignade, conchyliculture, pêche des coquillages).
Malheureusement, les eaux côtières sont globalement dégradées autour des grands estuaires comme la Gironde et la Seudre.
Ces pollutions peuvent venir de très loin. Les estuaires de la Gironde et la Seudre sont touchés en particulier par des pollutions aux métaux, notamment le cadmium, dont la source vient de plusieurs centaines de kilomètres en amont, dans le Massif Central, à Decazeville. Même si la source a été confinée, les métaux sont encore enfouis dans les sédiments et continueront à être relâchés petit à petit pendant 40 à 60 ans.
Il faut également prendre en compte un très grand nombre de maisons individuelles raccordées en matière d'assainissement aux réseaux pluviaux !!!!...